Dejiny Kalvárie sa začínajú v r. 1721 postavením prvej kaplnky krížovej cesty. Ďalšie kaplnky spolu s kostolíkom boli dobudované v roku 1756. Jednotlivé kaplnky majú obdĺžnikový tvar so štítom bohato zdobeným reliéfmi.
V kaplnkách sú drevené polychromované reliéfy zobrazujúce jednotlivé zastavenia krížovej cesty Krista. Najbohatšiu výzdobu má Kostol sv. Kríža so svojimi bočnými kaplnkami a kaplnka Svätých schodov, ktorú dalo vystaviť litovské knieža Karol Radzivill r. 1765. Postranné kaplnky Kostola sv. Kríža majú krásnu umeleckú výmaľbu a barokový interiér. Interiér kostola imituje skutočnú Golgotu.
Barokový Kostol svätého Kríža postavili na Kalvárii r. 1753. Stavbu viedol František Perger, ktorý staval tiež Kalváriu v Banskej Štiavnici.
V r. 1766 – 1767 bolo postavené zastavenie, ktoré predstavuje scénu na Pilátovom dvore: „ Koho chcete, aby som vám prepustil? Ježiša alebo Barnabáša?” Komplex Kalvárie bol dokončený r. 1769, keď sa na sviatok Povýšenia sv. Kríža dňa 14. septembra konala slávnosť posviacky a odpustová slávnosť. Odpustové slávnosti sv. Kríža sa konajú každoročne za účasti tisícok veriacich z Prešova a širokého okolia. V r. 1982-1983 sa uskutočnila rozsiahla obnova všetkých objektov Kalvárie. Objekty dostali pôvodnú polychrómiu, takže sa nám predstavili vo svojej pôvodnej kráse. Boli vyrúbané staré stromy a vysadené nové. Kostolík na vyvýšenom kopčeku je dominantou mesta, ktorú každý obdivuje. Mnoho návštevníkov sem prichádza s láskou, aby pozorovali rast mesta a krásne výhľady na naše mesto. Od roku 2006 prebieha rekonštrukcia kaplniek, z ktorých jedna bola už úplne rozpadnutá. V roku 2012 sa kostol nanovo obkopal a prevzdušnili sa základy cez mop fóliu a kamenný zásyp. Ku celému komplexu patrí aj domček, v ktorom je od roku 2009 sídlo hnutia Svetlo a Život.V roku 2015 začala oprava kaplnky Svätých schodov.
Okrem kostola a kaplniek patrí ku komplexu prešovskej Kalvárie cintorín a katakomby. Katakomby boli postavené v roku 1836 a slúžili ako hrobka pre kňazov. Ich múr pri pohľade z mesta vytvára dojem hradieb. Na cintoríne sa zachovali umelecky cenné krypty v empírovom a historizujúcom slohu.
